Soe Hok Gie adalah peranakan Tionghoa yang hidup pada masa kemerdekaan. Ia merupakan seorang yang pintar dan kritis. Sewaktu duduk di bangku sekolah dasar, Soe Hok Gie memperdebatkan pekara Chairil Anwar. Soe Hok Gie berpendapat bahwa Chairil itu penerjemah bukan seorang pengarang, tetapi sang guru tetap berpendapat bahwa Chairil adalah seorang pengarang. 

Setelah kejadian tersebut, Soe Hok Gie menerima nilai ulangan yang jelek karena mendapat pengurangan nilai dari sang guru. Soe Hok Gie tidak menerima dan melawan. Jiwa kritis dan melawan ketidakadilan mulai tertanam dalam diri Soe Hok Gie hingga dewasa. Di sisi lain, Soe Hok Gie mempunyai sahabat karib bernama Hans. Namun, Hans pergi entah kemana karena mengikuti tantenya.

Pada saat dewasa, Soe Hok Gie melanjutkan pendidikan di Fakultas Sastra Universitas Indonesia. Ia gemar sekali mendaki gunung. Ia juga mendirikan Mapala UI (Mahasiswa Pecinta Alam Universitas Indonesia). Wawasan yang luas dan kegemaran menulis membuat Soe Hok Gie mendapat tawaran untuk mengikuti sebuah organisasi. Namun, tawaran tersebut ditolak. Selain itu, Soe Hok Gie bekerja sama dengan militer untuk membuat tulisan propaganda melawan PKI. 

Hal tersebut terbukti efektif karena mampu menumbangkan PKI. Sementara itu, Soe Hok Gie juga kehilangan sahabat karibnya yang mengikuti PKI. Suatu hari Soe Hok Gie tidak sengaja bertemu dengan Hans dan diketahui bahwa Hans mengikuti PKI. Soe Hok Gie telah meminta agar Hans tidak ikut terlibat dalam PKI, tetapi tetap saja tampak jejak PKI dalam rumah Hans. Para PKI disiksa secara tidak manusiawi dan terjadi pembunuhan massal. Soe Hok Gie menelusuri peristiwa pembantaian PKI dan membuat tulisan mengenai hal tersebut. Tidak hanya itu, Soe Hok Gie juga memberikan opini melalui radio-radio. Semenjak hal tersebut, Soe Hok Gie merasa dibuntuti oleh orang yang tak dikenal hingga kematiannya. Soe Hok Gie meninggal karena menghirup gas beracun saat menaiki gunung.

Tokoh Soe Hok Gie diperankan dengan baik oleh Nikolas Saputra. Meskipun raut muka Nikolas Saputra tidak begitu terlihat seperti peranakan Tionghoa, tetapi hal tersebut tersebut diimbangi dengan sikap dingin dan pemberontak yang sangat menonjol diperlihatkan. Entah, Nikolas Saputra spesialis akting sebagai manusia dingin atau memang di kehidupan nyata bersikap dingin. Kehebatan sikap dingin yang ditampilkan Nikolas Saputra juga dapat terlihat di film terdahulu, yaitu Ada Apa Dengan Cinta (AADC). Selain itu, penggambaran keadaaan masa lampau yang ditampilkan ikut menambah suasana tegang. Ya, tegang dan mencekam. Dua hal tersebut yang mungkin memang dirasakan oleh orang-orang yang hidup di era tersebut. Kedua suasana tersebut mampu ditranfer dengan baik kepada penontonnya.

Namun, bagian akhir cerita yang antiklimaks membuat cerita dalam film Soe Hok Gie menjadi samar-samar kejelasannya. Mungkin, sutradara bermaksud ingin membuat penonton mengintrepretasikan sendiri akhir cerita. Atau mungkin memang begitulah cerita perjalanan Soe Hok Gie sesungguhnya. Hal yang terasa mengganjal adalah ketidakkorelasian antara sesudah bagian tengah dan akhir cerita. Pada bagian tengah cerita digambarkan bahwa Soe Hok Gie mencari tahu kematian temannya, Hans, seorang PKI. 

Setelah mengetahui kekejaman tentara dalam menumpas PKI, Soe Hok Gie membuat berita mengenai hal tersebut. Semenjak membuat berita tersebut, Soe Hok Gie merasa dibuntuti oleh orang yang tidak dikenal. Akhir cerita, tertulis jelas bahwa Soe Hok Gie meninggal keracunan gas pada saat mendaki gunung. Kedua hal tersebut tidak bisa dipadukan. Jika memang Soe Hok Gie hanya keracunan gas, seharusnya bagian Soe Hok Gie dibuntuti tidak perlu diperlihatkan. Hal tersebut membuat spekulasi lain bahwa Soe Hok Gie meninggal karena dibunuh. Anggapan demikian tidak mengherankan karena pada zaman Orde Baru marak terjadi pembunuhan terselubung.