Indonesia memiliki kawasan terumbu karang terkaya di dunia dengan lebih dari 18% terumbu karang dunia, serta lebih dari 3.000 spesies ikan, 590 jenis karang batu, 2.500 jenis moluska, dan 1.500 jenis udang-udangan. Kekayaan biota laut tersebut menciptakan sekitar 600 titik selam yang tersebar dari Sabang hingga Merauke. Raja Ampat di Provinsi Papua Barat adalah taman laut terbesar di Indonesia yang memiliki beraneka ragam biota laut dan dikenal sebagai lokasi selam scuba yang baik karena memiliki daya pandang yang mencapai hingga 30 meter pada siang hari. Hasil riset lembaga Konservasi Internasional pada tahun 2001 dan 2002 menemukan setidaknya 1.300 spesies ikan, 600 jenis terumbu karang dan 700 jenis kerang di kawasan Raja Ampat. Bunaken yang terletak di Sulawesi Utara memiliki 25 titik selam dengan kedalaman hingga 1.556 meter. Hampir 70% spesies ikan di Pasifik Barat dapat ditemukan di Taman Nasional ini. Terumbu karang di taman nasional ini disebut tujuh kali lebih bervariasi dibandingkan dengan Hawaii. Beberapa lokasi lain yang terkenal untuk penyelaman antara lain: Wakatobi, Nusa Penida, Karimunjawa, Derawan dan Kepulauan Seribu.

Terdapat 50 taman nasional di Indonesia, 6 di antaranya termasuk dalam Situs Warisan Dunia UNESCO. Taman Nasional Lorentz di Papua memiliki sekitar 42 spesies mamalia yang sebagian besar hewan langka. Mamalia yang ada di kawasan ini antara lain: kangguru pohon, landak irian, tikus air, walabi, dan kuskus. Taman nasional ini memiliki lebih dari 1.000 spesies ikan, di antaranya adalah ikan koloso. Di taman ini terdapat salju abadi yang berada di puncak Gunung Jayawijaya. Taman Nasional Ujung Kulon merupakan taman nasional tertua di Indonesia yang dikenal karena hewan Badak jawa bercula satu yang populasinya semakin menipis. Pengamatan satwa endemik komodo serta satwa lainnya seperti rusa, babi hutan dan burung dapat dilakukan di Taman Nasional Komodo. Taman Nasional Kelimutuyang berada di Flores memiliki danau kawah dengan tiga warna yang berbeda.

Indonesia memiliki lebih dari 400 gunung berapi dan 130 di antaranya termasuk gunung berapi aktif. Gunung Bromo di Provinsi Jawa Timur dikenal sebagai lokasi wisata pegunungan untuk melihat matahari terbit maupun penunggangan kuda. Pada bulan-bulan tertentu, terdapat upacara kebudayaan Yadnya Kasada yang dilakukan oleh masyarakat Gunung Bromo. Lokasi wisata lain yang terkenal di daerah Jawa Barat adalah Gunung Tangkuban Parahu yang terletak di Subang. Gunung aktif ini menghasilkan mata air panas yang terletak di kaki gunung yang dikenal dengan nama Ciater dan sering dimanfaatkan untuk spa serta terapi pengobatan.

Keanekaragaman flora dan fauna yang ada di seluruh nusantara menjadikan Indonesia cocok untuk pengembangan agrowisata. Kebun Raya Bogor yang terletak di Bogor merupakan lokasi agrowisata populer yang telah berdiri sejak abad 19 dan merupakan yang tertua di Asia dengan koleksi tumbuhan tropis terlengkap di dunia.Hingga Maret 2010, Kebun Raya Bogor memiliki koleksi 3.397 spesies jenis koleksi umum, 550 spesies tumbuhan anggrek, serta 350 tumbuhan non-anggrek yang berada di rumah kaca. Taman Wisata Mekarsari merupakan taman buah tropis terbesar dan terlengkap di dunia. Koleksi taman ini mencapai 100.000 tanaman buah yang terdiri dari 78 famili, 400 spesies, dan 1.438 varietas.